La Sulfoquinoxalina pertenece al grupo de las Sulfonamidas. Las Sulfonamidas actúan como antagonistas competitivos del Ac. Para-aminobenzoico (PABA), que es un precursor del Ac. Fólico, esencial para que la mayoria de las bacterias y protozoos puedan sobrevivir. En la UE y en USA, el LMR para los residuos de sulfonamidas en tejidos animales y leche es de 100 ug/kg.